參考文獻是醫學論文不可或缺的內容，是構成完整論文的重要組成部分，它是醫學論文作者為指明自己的論據和數據出處，為讀者提供具體詳細的文獻信息。醫刊匯編譯對其主要作用歸納如下：
1.說明作用。說明哪些是自己的研究成果，哪些是他人的研究成果，體現論文作者研究的起點和深度。
2.檢索作用。利用文后參考文獻進行文獻檢索，是參考文獻最直接的用途之一。依據參考文獻所提供的檢索點，可以使讀者擴展檢索到大量的相關文獻，實現一定意義上的資源共享。
3.交流作用。醫學論文寫作的最終目的是通過傳播和交流，到達應用領域，從而實現論文的自身價值。無參考文獻的論文等于是一篇孤立的論文，不易被讀者發現和引用，因而影響其從研究領域向應用領域的轉化。
4.研究作用。利用參考文獻可以進行科學情報和文獻計量學等研究，探討學科發展規律。在文獻計量學研究中廣泛使用的“引文分析法”就是針對文后的參考文獻進行分析，即通過參考文獻的數量、語種、類型、年代、普賴斯指數、被引頻次、自引、核心期刊分布等指標來客觀分析論文作者查閱文獻量的多少，對已有的研究成果和文獻資料的了解和吸收能力，參考文獻的結構分布，參考文獻的新穎性程度等，為尋找某一學科領域文獻的引用規律、核心期刊分布規律、高被引作者群分布規律等提供依據，為讀者利用文獻提出建議。
5.評價作用。論文的被引用情況反映了某項研究被同行所關注的程度。論文被引用，說明它包含的信息或知識被人利用了，被引用的多少則可看作是對論文學術價值和水平的測度。一般說來，被頻繁引用的文獻往往是相對有價值的重要文獻，比較重要的科技成果，代表較高的學術水平，故被用于科學產出的質量評價。就醫學研究的通常情況而言，不參考一定量的文獻信息，很難完成一篇高質量的學術論文。
在對醫學期刊做引文分析時，通常將參考文獻載體分為期刊、圖書和特種文獻三種類型，其中期刊論文是醫學參考文獻中最主要的類型。與科技期刊論文的整體情況相比，醫學期刊出版周期短、信息量大、傳遞速度快等特點更為突出。醫學期刊論文能及時反映出醫學發展的最新動態，在醫學學術交流中具有突出作用。
圖書參考文獻是僅次于期刊的第二大情報信息源。醫學圖書通常具有觀點成熟，數據可靠等特點，但出版周期相對于醫學期刊而言較長，對其利用起到了一定的限制作用。所謂的特種文獻，包括研究報告、專利文獻、學位論文、技術標準、會議論文、網絡信息等類型。
有些醫學參考文獻引自于大型的國內、國際公開發表的專題會議論文，盡管所占比例較小，但會議論文是科研成果產出除期刊論文以外的一個重要補充，在一定程度上反映了某一專題領域的最新進展和研究動向，應予以足夠的關注。
